疏勒、于阗、龟兹和且末等西域诸国政权控制的西域西部，而西域中部的吐鲁番附近，则被北凉的延续者高昌所统治。
东晋隆安四年，公元400年，河西李皓占据敦煌。
西凉建立不久，驻军玉门、阳关以西诸城，控制西域！
之后的南北朝时代，北方的少数民族政权开始先后控制西域。
柔然，是北方草原古老民族东胡人（中国古族名）后裔，
五世纪初兴起于蒙古草原，公元402年，建立了强大政权，同北魏争夺西域。
太平真君三年，公元442年，北魏灭北凉，西域诸国降附北魏，
高昌王麴嘉及其子孙多次受北魏册封。
太延元年至末年，公元435—439年，西域各国遣使向中原朝贡，使臣连年不断。
随着北魏势力进一步扩大，太和十二年，公元488年，北魏置伊吾郡。
永熙三年，公元534年，
北魏分裂为东魏、西魏，后被北齐、北周取代。
中央王朝再次失去了对西域的控制，国家开始衰弱！！！
而与此同时，北方少数民族铁勒，趁机控制西域，开始崛起。
铁勒，亦称敕勒、高车，最初游牧于贝加尔湖及鄂尔浑河、土拉河流域。
公元487年，高车副伏罗部首领阿伏至罗与其弟穷奇率所属十余万部落（户）西迁， 在车师前部（今吐鲁番交河故城）西北建立高车国。
嚈哒，起于塞北（古指长城以北地区），五世纪末东进塔里木盆地，南攻月氏，建立政权，并越过帕米尔高原，曾一度控制南疆部分地区。
吐谷浑源于鲜卑（中国古老民族），四世纪初，自辽东（泛指辽河以东地区）西迁，逐渐控制了今甘南（甘肃南部地区）、四川和青海地区的氐（中国古族名）、羌等民族，建立了吐谷浑政权。
南北朝末期，
西域出现了社会大动荡和民族大融合的局面。
5世纪末，吐谷浑和柔然开始分别侵入新疆南部和北部，
中原政权丧失了对西域的控制。
“失去新疆西域，中华必将衰弱”，这话第一次得到了验证！！！