运输调度部“负责调度所有船只，保养及维护岛上所有船只”。
物资调配部“负责储备战船出海的粮草战备物资，收集各种粮草及生活物资，给各岛各户人员分配粮草及生活物资”。
仓储管理部“管理岛上所有仓库，对仓库的所有的物品出入库精确登记，巡视仓库各个角落，做到防火防盗。
账目统计部“统计和汇总所有岛上账目，不定期的去各岛检查账目”。
钱财管理部“管理岛上的钱库，所有缴获的金银财宝全部入库，将钱库的钱财、金银、玉器、等……，全部分类登记造册，登记支出日常运营的钱财”。
下属岛可以任命岛主和副岛主，码头执事，账房执事， 船坞执事，后勤执事。
岛主，每天主要负责管理和监督各位执事的日常工作，管理岛上的常驻人口，码头事务，作坊事务，只要是岛上的事情他都要管，岛上出了事先找他。
副岛主，负责作战人员的日常训练、船只检修及保养维护，安排调度巡逻及看守人员，协助岛主日常管理，保证岛上正常运转。如果有作战任务副岛主优先带领作战人员登船去完成任务。
码头执事，负责管理码头一切事务，比如码头劳工，船只调派，装卸货物，转运货物。
账房执事，负责岛上的各种账目，作坊出入账目，码头来往货物的账目，生活物资出入账目，包括岛上所有人员的工钱发放及账目。
船坞执事负责船坞的一切事务。
后勤执事负责修建房屋作坊，领取生活物资领取和发放，各个伙房的一切事务，为岛上做好后勤保障。
这样责任全部落实到人，大家各司其职，各自做好各自的事情。