朱载坖听完之后若有所思，说道：“严阁老之为政，亦与一般辅臣不同也。”
马森说道：“是与华亭（徐阶）、兴华（李春芳）不同也。”
朱载坖屏退一切闲杂人等，请马森明言，马森也就直言不讳的说道：“王太仓还是太年轻了，只知其一不知其二也。”
马森认为，现在的科权，其实并非科权，而是阁权的延伸罢了，六科凭什么能够压制六部，就是因为内阁支持六科，打击部权，六科的所谓科权，其实都是内阁的意志。
现在对于首辅大人们来说，最重要的就是控制科道，徐阶、李春芳为什么能够坐稳首辅的椅子，除了简在帝心之外，更重要的就是对于科道的把持，科道现在成了内阁的打手，所以从内阁的角度来说，科道的权力增加就是内阁的权力增加。
因为从本质上来说，科道和内阁一样，都是没有任何行政权力的，大明朝廷的行政权力都在六部手上，科道是监察，内阁只不过是皇帝的幕僚机关罢了，但是随着时间的变化，内阁权力的上升，使得阁部之争越来越激化，阁部之争爆发之后，内阁的办法就是用科道来制衡六部。
六科管住了六部，而内阁管住了六科，所以本质上不是六科的权力扩大，而是内阁的权力扩大，在嘉靖、严嵩时代，他们二位本就是极为强势的主，六科自然不在他们的眼中，他们要亲自掌握权力，而不是用其他人。
而轮到徐阶就不是这样了，徐阶能上位，清流言官就是出了大力的，所以徐阶对于言官是极为优容的，言官们也甘心为徐阁老当打手，李春芳也在言官队伍中有大量的拥趸，所以他们二位很大程度上就是用言官在治国。
马森极为忧虑的认为，祖宗设立六科，是为天子耳目，本是皇帝身边的近侍机构，应该是皇权的延伸，现在却成为了阁权的延伸，这才是最令人忧虑的。
所以马森想请朱载坖大振乾纲，以自己请辞为契机，恢复旧制，彻底整顿六科，使六科回到皇权延伸的合理位置上来。
对于这位老臣的看法，朱载坖说道：“卿也不必如此啊！”
马森说道：“陛下，事有取舍，方可为政，今陛下舍老朽一微末之臣，而为大明建百代之政，孰轻孰重，岂用臣言！”
朱载坖想了半天，才说道：“卿尚有何愿，朕可为卿处之。”
马森笑着说道：“陛下，老臣生归故里，乡音无改，已是侥天之幸了，尚复敢有他言。”
马森离开之后，朱载坖下旨，准允户部尚书马森致仕，加马森少师兼太子太师，赐双俸、驰驿，荫一孙国子监生，遣锦衣卫护送回乡。