又是一个反转。
刚刚被确定为内鬼的内奥米，竟然并不是真的幕后主使。
在感叹了斯内克棋子命运一番后，随着升降梯停下，小卡尔继续操作斯内克探索起来。
上校的态度虽然让人不爽，但现在阻止‘合金装备’的启动，却也是最关键的任务。
对于游戏接下来的故事走向，卡尔父子充满了期待。
而在一番探索，随着斯内克走进控制室，成功插入三把钥匙后，卡尔父子松了口气。
但也有些疑惑：似乎游戏的过程有些太顺利了。
果不其然，随着钥匙沉入机器，顿时响起了系统警告音：
‘PAL密码输入完成，起爆密码已经激活！’
原本应该是阻止‘合金装备’启动的三把钥匙，却成为了激活‘合金装备’的密匙。
“为什么？怎么回事？”游戏中的斯内克大惊：“我明明是解除‘合金装备’启动的！！”
卡尔父子则是一副果然如此的表情：果然事情不会那么顺利，果然合金装备还是要手动毁灭的...
而正当小卡尔摩拳擦掌，准备感受一番3D时代‘合金装备’的强大之时，斯内克的通讯器再次响起。
“谢谢你，斯内克！现在输入起爆密码已经完成！已经没有任何东西可以阻止合金装备了！”
通讯器那头传来了米勒教官皮笑肉不笑的声音。
原来真正的米勒教官早就被杀死了，一直和斯内克通讯的米勒教官是利奎德·斯内克假扮的。
原来正如贝克总裁所言，知道密码的唐纳德局长也做过精神封印手术，精神螳螂的心灵感知能力并没有突破唐纳德局长的精神防线。
而审讯高手左轮山猫在审讯唐纳德局长时，却又意外弄死了他。
也就是说利奎德带领的猎狐犬小队已经完全失去了启动‘合金装备REX’的方法。
但斯内克的出现，却带给了他们新的希望，于是有了章鱼乔装打扮的‘唐纳德局长’，也有了斯内克如此顺利的拿到三把钥匙启动‘合金装备REX’。
一切都是利奎德的阴谋，或者也都是漂亮国五角大楼的阴谋。
斯内克来到影子摩西岛，真实的目的并不是救人和阻止恐怖分子启动‘合金装备’。
五角大楼只是需要携带‘死狐病毒’的斯内克来到这个岛上，和包括利奎德在内的所有基因改造士兵进行接触。
这样就能通过基因武器悄无声息的消灭所有人。
而五角大楼也能兵不血刃的拿回完好无损的‘合金装备’，并且获得基因士兵们的尸体...
从一开始，斯内克就是五角大楼的一个棋子，一个用来传播病毒的棋子。
......
听着利奎德讲述事情的始末，卡尔父子完全惊呆了。
虽然他们猜到了一部分，但没想到整个事件从一开始就是被安排好的。
斯内克和自己想要拯救世界的想法与行为，在这个阴谋面前实在太可笑了。
而随着故事的继续，随着斯内克在机库看到了利奎德。
两人接下来的对话更是让卡尔父子吃惊：竟然还有反转。
原来内奥米也并不是完全为五角大楼工作。
根据利奎德的间谍汇报，在给斯内克注射死狐病毒前，内奥米偷偷又对死狐病毒进行了编程。
没人知道她究竟修改了什么！
而这也可能是斯内克为何一直没有死于心脏病的原因，这不由让利奎德松了口气。
因为他和斯内克的基因是完全一样的双胞胎，只要斯内克没事，他也不会有事。
不过在‘魔童计划’中，斯内克得到了BIG BOSS的全部优质基因，而利奎德继承的则全是劣质基因。
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