看得出来，李鸿章这是想把日谍一案，大事化小，小事化了。
然而，朝廷这次，并没有买他的账，光绪在给李鸿章的回折中讲道：
“李鸿章，这件事儿，你最好亲自督办，严刑审讯，如果揪出了探听军情等确凿实据，你就即行正法。
朕告诉你，现在朝廷中，已经有不少言官在奏报你有意隐瞒一事，朕劝你一句，就算你有什么难言之隐，也最好不要再宽纵奸细，否则，朕也只好公事公办了。”
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对于李鸿章这样的重臣而言，皇帝这样的言辞，已经是非常不客气，甚至是在警告他了，可见，从光绪到百官，大家都对李鸿章关于这事的处理态度，相当不满，怨气颇重。
见李鸿章还在举棋不定，左右为难，江南道监察御史张仲炘干脆推了他一把，他在给光绪的奏请折中，先是申请要密查北洋，随后又讲：
“李鸿章的外甥张士珩，自从做起军械局总办以来，在置买军械时，经常与验收者沆瀣一气，偷梁换柱，以至于北洋军队使用的很多武器都不合格。
日谍一案中的主犯刘棻，又是张士珩的直接下属，难保李鸿章在处理案件时，不会因为要保全他的亲外甥，而不深究案情，微臣建议，最好把刘棻直接押送刑部审理。”
张仲炘的奏折，不偏不倚，恰好戳到了李鸿章的痛处，眼看一味敷衍塞责，反而适得其反，李鸿章只得赶紧上书朝廷:
“据臣多次亲审，日谍已经供认自己在清国从事间谍活动的事实。”
随之附上的，还有主犯们之前招供的那份供词。
不过，在这份供词中，李鸿章把涉案人员的范围，尽量缩小，涉案官员的行政级别，也尽量控制在于邦起以下。
翌日午时，李鸿章亲自下令，将主犯刘棻，依律绑赴市曹处决；石川则押赴教场，按照公法，用洋枪击毙；汪开甲处以永久监禁；曾给石川和汪开甲牵线搭桥的戴士元，被当场处决。
于邦起等人虽未串谋，但明知有事，却没有据实举报，判处监禁五年；经多次审问，日谍的跟班王大富，对于石川的间谍行为，毫不知情，不久后，他便被取保释放。
甲午期间，清国破获的第一日谍大案，看似已经尘埃落定，然而事情远远没有这么简单。
随着石川等人相继伏法，案情反而变得更加扑朔迷离。
自案发之日起，坊间就流传着李鸿章为保全北洋高层官员，隐瞒真实案情的传闻。
事实上，这一传闻也并非空穴来风，在礼部侍郎志锐的奏折中，称李鸿章所报的日谍供词是“伪供”，并称:
“津中人士，无不切齿李鸿章所为。”
言外之意，这李鸿章隐瞒实情的事，在直隶，已经是一个公开的秘密了。
志锐通过他在直隶的“线人”，获得了一份关于日谍的真实“供单”。
在这份供单中，石川招认，他自光绪九年起，就在京津等处交替往来，刺探军情。
他与刘棻相识，是通过西沽炮药局委员李辅臣，令汪开甲引荐的，至今，已有二三年了，刘棻曾将各军营的机密底册，一一都抄录给了自己。
自己则把这些情报交到了日本驻华使官神尾光臣的手中，由神尾亲自带回日本国内。
石川还提到：
“张士珩大人与神尾大人最是交好，因此，张大人便放任手下将清国各营枪炮子药，和各局每日制造多少的底细，都全数告知神尾大人。
水师营务处的巡捕于邦起还称，神尾光臣在返回日本之前，还在裕太饭馆亲自设宴，宴请了李中堂的亲近之人。
并与汪开甲、于邦起、戴士元、刘棻等人商议，如果清国有紧急军情，众人即会飞电来报。
志锐的这份供单，不仅与李鸿章所呈报的供词大有出入，并且里面还藏有许多猛料。
如果供单所述属实，便可推断出刘棻之所以敢明目张胆地与石川打得火热，还收留他在家中居住，其实都是有上峰为之撑腰的。
若果真如此的话，李鸿章确实难逃干系。
但纵观甲午前后，波诡云谲的清国政坛，也许李鸿章的多次隐瞒，确实也有他的许多苦衷…