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卢循窜往交州，攻占合浦，恰巧山贼李奕等人与交州刺史杜慧度有仇，两者合兵攻打交州治所龙编。
龙编城外，杜慧度用雉尾炬(以芦苇等物，缚成下部分岔之草把，灌以油蜡，点燃后投掷，因形似禽尾，故称)火焚变民军船只，卢循中箭投水而死，杜慧度捞出其尸体斩首，连同卢循之父卢暇、四个儿子以及录事参军阮静等人的首级，全部送到建康。
至此，历时十一年的孙恩、卢循之乱彻底平定。
朝廷下旨赏功，授刘裕为太尉、中书监，录尚书事、扬州刺史等官职不变。刘裕知大局已定，这次不再推辞，欣然接受。
天子又以雍州军南下相助平叛为由，加杨安玄为侍中、骠骑将军；以后将军刘毅守护建康、督运辎重之功复任卫将军，开府仪同三司，重返历阳任豫州刺史；其他有功将领一并封赏。
刘穆之转任太尉府司马，替刘裕在京中招募有才之士，吸纳了大批孟昶的参佐入太尉府，原左光禄大夫殷茂之孙、故司徒王谧女婿殷景仁；故太尉谢安之兄谢据曾孙、骠骑长史谢重之子谢晦等俊才都得到刘裕的重用。
刘毅发觉刘穆之对刘裕的帮助极大，在背后替刘裕出谋划策，不少门阀受其拉拢投靠了刘裕，深忌之。于是常在刘裕面前提及刘穆之权力过重，将来难以抑制，可是刘裕知其心意，反而更加信任刘穆之。
雷池、左里击败变民军后，夏口、浔阳、历阳收复，刘毅回转历阳城，不久上表朝廷，要求督江州军事。
刘毅奏称江州处于要冲，与扬州、豫州联为一体，是京师的屏障。卢循祸乱之后，江州糜烂，百姓寥落无几，交通不便，如今燕国已平，胡人难以寇江，应将江州州府与军政分开，厉行简易仁爱之政，减轻百姓负担。
琅琊王因刘裕权柄太重，巴不得有人分权，以天子名义准奏，命卫将军、豫州刺史刘毅督江州事，移镇豫章，江州刺史庾悦归刘毅统辖。
刘毅将镇所迁至豫章，庾悦的好日子便到了头。当初刘毅住在京口，尚未入仕，与亲友到东堂射箭，恰逢司徒右长史庾悦要用射场，众人只得避走，唯有刘毅不走，依旧留在东堂射箭。
庾悦随行带着厨师，烹饪美味，刘毅见到上前索要烤鹅，被庾悦断然拒绝，刘毅记恨在心，一直想要报复。
到任豫章后，刘毅命部将赵恢率一千兵马进驻浔阳，左一道命令右一道公函，让江州三千文武官吏疲于奔命。即使如此，刘毅对江州事务吹毛求疵，前往浔阳斥责的公文不绝于道，最后刘毅下令庾悦前来豫章听训。
庾悦知道刘裕是公报私仇，既气又惧，到豫章后背上生疽，病逝。刘毅顺势上奏朝廷，请加授江州刺史之职，天子准奏。
刘裕冷眼看着刘毅兴风作浪，此时的刘毅已经不放在他心上，只待时机成熟，刘裕自信随时可以平灭他。
真正被刘裕视为对手的是雍兖刺史杨安玄，杨安玄身为雍兖刺史，梁州刺史杨思平、北青州刺史杨孜敬是他的叔辈，司州刺史鲁宗之曾是其麾下，司州更被杨安玄的亲信架空，亦如同杨安玄的治下一般。
刘裕与刘穆之多次对两家实力进行过对比，两人都认为只比杨安玄略胜半筹。
最大的优势来自刘裕掌握着朝堂，治下有徐州、北冀州、扬州、广州、交州、荆州等地，至于豫州、江州虽是刘毅治理，其实与司州的情形差不多，脱不出刘裕的掌心。
所占的地盘刘裕多于杨安玄，但江南这几年战事不断，百姓死伤、逃亡严重，两家治下的百姓应该差不多，近期刘裕正准备从北冀州迁移原南燕的百姓南下，充实徐州、扬州。
虽然刘裕对北府军的战力充满自信，但却丝毫不敢小覤雍州军，特别是雍州军展现出的军械明显优于北府军，轻骑的数量应该也远在朝廷兵马之上，同等数量的两军对仗，刘裕还真不敢说会赢。
与卢循水师交战，刘裕俘获了六艘“八艚舰”，获悉了水密舱的秘密，当初沈田子凿船不沉的原因找到了。
刘裕下令水师改造船舰，此次与变民军争锋，暴露出朝廷水师不少漏洞，要及时修补，希望将来有能力在水上与雍州水师争雄。
杨家犁、斩铁刀、水密舱船，这些技术让刘裕深感不安，他奏请天子重设将作大匠(1)，设监一名，秩二千石，与九卿同列，少卿两名，官吏若干；除掌宫室、宗庙、陵寝等土木营建外，执掌天下匠人，选拔能工巧匠为官；命沈田子执掌谍报司，主要的任务是刺探雍州军械的秘密，打听雍兖之地的情报。
有感于争战致使各地凋敝不堪，百姓或亡或逃，很多郡县的百姓比起二十年前仅有十之三四。刘裕奏请天子把俘获的变民军安置在广陵、京口以及三吴一带屯田，将无主的田地拿出来授于逃亡山中的百姓，凡入籍者每丁授田五十亩。
要战胜杨安玄，就要借助皇权推行仁政，收拢百姓民心。与刘穆之、刘敬宣等人多次商讨后，刘裕雄心勃勃地要进行一系列“改革”。
「注(1)：将作大匠，不常设。」