而后，洪承畴又急调临洮总兵曹变蛟前去追剿。
曹变蛟遂急领五千兵马赶赴汉中府。
十一月三日，李自成率领流贼猛攻南郑城。
曹变蛟领军赶到后，立即发起进攻。
流贼被打的措手不及，狼狈逃跑。
恰逢洪承畴这时也已领兵赶到。
李自成见明军势大，遂带领流贼急忙向四川逃窜。
十一月六日，李自成等流贼攻破了通往四川咽喉的宁羌州，而后又攻破四川的七盘关和朝天关，占领广元县。
由于此时的洪承畴不再是五省总督，故而没有领兵进入四川。
没有洪承畴的领兵追剿，李自成等流贼如入无人之境，连续攻克昭化、金堂、剑州、彭县、郫县、新都、西充、遂宁、梓潼、绵州、新繁、江油等三十八座城池。
四川境内的官员无不望风而逃。
巡抚王维章一边急向五省总理王家桢请援，一边急调总兵侯良柱领兵围剿。
奈何总兵侯良柱大意轻敌，中了流贼的埋伏。
所领的六千兵马全军覆没，自己也被流贼击毙。
消息传到成都时，巡抚王维章及巡按陈廷谟被吓得手足无措。
十一月十五日，李自成率领近五十万流贼，抵达了成都城郊外。
这可把王维章及陈廷谟吓得手脚冰凉，连夜派出十几匹快马，向着河南的王家桢及京师求援。
崇祯收到求援奏折时，当即愤怒的把王维章革职查办，陈廷谟降三级戴罪立功。
又任命傅宗龙接任四川巡抚，并催促洪承畴火速领兵入川协剿流贼。
得到崇祯的圣谕后，洪承畴带领陕西镇总兵左光先、临洮总兵曹变蛟及副将马科、贺人龙等一万五千兵马入川。
之后，崇祯皇帝又急檄新任的延绥总兵王洪、宁夏总兵祖大弼扼守在汉中、略阳、秦州、徽州一带，准备在流贼出川时加以堵截。
此时，围堵流贼的官军人数已有五六万人。
面对来势汹汹的官军，李自成等流贼见势不妙，遂又领着流贼大军北上逃窜，企图再度进入陕西。
双方在彰明、江油、龙安发生多次大战。
流贼依仗人数优势，终归是突破了官军的围追堵截，再度回到陕西。
而逃入河南的张献忠等流贼，此时也迎来了实力的大增长。
在有了高迎祥余部的投靠后，张献忠伙同闯塌天等流贼，共二十余万人沿江东下。
流贼大军经由六合、怀宁、望江、江浦，一度逼近扬州府。
南京留守司急忙调兵遣将，围堵流贼东上。
双方在望江、江浦大战。
最终，张献忠等流贼无功而返，掉头回返，返回了郧襄地区。
......
面对流贼势又复起的趋势，崇祯皇帝环顾身周廷臣，觉得无一人知晓军事。
于是，崇祯皇帝又想起了丁忧在家、曾经的宣大总督、杨鹤之子的杨嗣昌。
杨嗣昌在任宣大总督之时，曾多次击败鞑子的袭扰，并略有斩获。
在杨嗣昌的治理下，边地的百姓也因此得到短暂的安宁生活。
也正是如此，杨嗣昌懂军事的名声也传到了崇祯皇帝的耳中。
而后，崇祯皇帝不经朝臣的廷推，径直下旨起用杨嗣昌为兵部尚书。