于是经过商议后，王伦势力的军队仍称梁山军，以征东将军府的名义行使民政事务，而以征东大都督府的名义行使军政事务，军、民事务分开。
王伦自称征东将军、征东大都督，许贯忠则为征东将军府左长史，兼任军师；萧嘉穗为征东大都督府左长史，朱武为征东大都督府右长史。
至于征东将军府右长史，王伦是打算留给闻焕章的，只要他在金乡县表现得不错，就此提拔起来。
将军府下设六曹，对应的正是大宋朝的六部。
吏曹主管人事升迁、考核、组织形式、官吏培养等，暂由王伦兼着，自古人事都是大事，不可能交给其他人的。
礼曹专管一应对外事务往来，以及祭祀、典礼、天文、漏刻、国忌、庙讳、僧尼等事宜，王伦又将教育这个在他心里极为重要的职责安排其下，由柴进担任主事。
户曹主要负责辖地户口统计、逃匿人民搜寻、土地牧场统计、钱财度支、百姓民生事宜，如医疗、卫生、赡养孤寡、客死掩埋等，由王寅出任主事。
工曹负责营造、矿场、城池修缮、道路、桥梁、水渠堤堰修建、驿站维护、山林水泽的保护等，由凌振出任主事。
刑曹则负责法律审判，下设提刑署和巡检署。提刑署相当于后世的检察院，负责检刑诉讼；巡检署相当于警察局，负责出警、巡查刑事案件，两署互相配合，所查案件，证据收集和审讯等完成后，由刑曹进行最终审判。
刑曹主事自然是孙定，提刑署司署为蔺仁，巡检署司署，王伦考虑了许久，暂由雷横出任，他心里有个更合适的人选，那就是朱富的师父、现为沂水县都头的“青眼虎”李云。
故而战事一完，王伦就已经派朱富送信给李云，他不来也不怕，因为王伦只要将官职制度理顺了，总归是要攻打占领沂州的。
考虑到雷横这个人心思偏激，王伦特意给他说明，先将济州三县的巡检署结构搭建起来，将来仍旧由他领兵。
兵曹则负责征兵和预备役的建设，在各地建立民兵制度。这件事王伦就交给了卞祥。
人口和军队，与之相关的户、兵两曹，王伦让王寅与卞祥负责，仍旧是要锻炼二人，在他看来，二人转为文职，必然是会有一番成就的。